Brèves de veille

SAKANA AI, une start up japonaise fondée par deux anciens chercheurs de Google,  a développé l’outil AI scientist est capable d’écrire des articles de recherche d’une qualité suffisante pour être acceptée par une revue par les pairs (peer review).

Certes, sur les trois articles qui avaient été soumis, un seul a obtenu une évaluation suffisante. Mais cela est considéré comme un grand succès, car, d’après la société, c’est la première fois que cela arrive. Les chercheurs ont l’honnêteté de préciser que le jury auquel avaient été présentés les trois articles parmi 43 savait que certains articles pouvaient avoir été écrits par une IA.

Ces trois articles ont été générés de bout en bout par l'IA, sans aucune intervention humaine. L'IA Scientist-v2 a développé une hypothèse scientifique, conçu des expériences pour la valider, rédigé et perfectionné le code pour les exécuter, analysé les données et les a présentées sous forme de chiffres. Elle a également rédigé l'ensemble du manuscrit scientifique, du titre à la référence finale, en incluant la mise en place des figures et l'intégralité du formatage.

L’outil AI Scientist a été entrainé dans trois sous-domaines du « machine learning ». 

Les chercheurs de SAKANA AI ont  fusionné différents modèles de fondation plutôt que de partir de zéro et la nouveauté réside dans l’algorithme créé, qui s’inspire de la nature,  pour automatiser le processus.

On peut sans trop de risque faire l’hypothèse que ce premier succès risque de générer de profonds changements dans le monde de la publication scientifique.

The AI Scientist Generates its First Peer-Reviewed Scientific Publication

The AI Scientist: Towards Fully Automated Open-Ended Scientific Discovery, LIU et al 2024

On parle de plus en plus du problème des articles (scientifiques) rétractés.

Plusieurs raisons peuvent conduire à la rétractation d’un article :  

. Mauvaise conduite scientifique telle qu'invention ou falsification de données

. Plagiat ou auto-plagiat

. Erreurs non intentionnelles, par exemple biais expérimentaux ou erreurs statistiques

. Problème d’éthique par exemple concernant le bien-être animal

. Article soumis à plusieurs revues ou morcellement d’une étude en multiples articles

. Utilisation de textes ou d’images protégées

. Article issu d’une « paper mill »(entreprises vendant des articles fictifs ou plagiés)

Comme on le voit, les raisons ne manquent pas.

Si le phénomène est choquant avec 40 000 articles rétractés pendant les dix dernières années, il faut cependant rapporter ce chiffre au 50 millions d’articles publiés durant cette période, ce qui représente moins de 0,1% même si ce chiffre est sûrement sous-évalué. 

Comme on peut s’en douter il y a des champions  tels que la Chine d’où sont issus près de 60% des articles rétractés. Ce sont les petits hôpitaux ou les universités dans le domaine médical qui se distinguent particulièrement.

En dehors de la Chine, d’autres champions sont la Ghazi University au Pakistan, la Addis Ababa University en Ethiopie l’Institute of Engineering and Technology à Coimbatore en Inde. La King Saud University à RiYadh en Arabie Saoudite est également bien placée. 

On trouvera des informations beaucoup plus détaillées dans l’excellent article de Nature « These universities have the most retracted scientific articles » du 20 février 2025 Vol 638 pp 596-599.

Wiley a récemment mené une étude auprès de près de 5 000 chercheurs sur leurs utilisations actuelles de l’IA et la probabilité de leurs futures utilisations.

Le questionnaire a porté sur 43 cas d’utilisations spécifiques de l’IA dans l’ensemble du processus de recherche.

Les principaux résultats sont les suivants :

• Les utilisations actuelles de l’IA sont limitées à quelques tâches, mais les chercheurs attendent une extension rapide de son utilisation tout au long du processus de recherche 

• Les chercheurs sont très intéressés par l’IA, et une majorité estime que l’IA surpasse actuellement les humains pour plus de la moitié des 43 cas d’utilisation

• La Chine et l’Allemagne sont en tête en matière d’utilisation de l’IA

• Plus de 60 % des chercheurs considèrent que le manque de directives et de formation est un obstacle à l’augmentation de leur utilisation de l’IA
• Ce sont les domaines de l’informatique et de la médecine dans lesquels les chercheurs souhaitent le plus être des « adopteurs précoces » de l’IA ; c’est l’inverse, dans le domaine des sciences de la vie.

À la suite de cette étude, Wiley élabore des directives à destination des auteurs pour une utilisation efficace et responsable de l’IA.

Le rapport est disponible sur ce site. 

Les archives ouvertes ont été créées pour améliorer la visibilité des articles académiques et en faciliter l’accès. Elles s’inscrivent dans les idéaux de la science ouverte promouvant la transparence et l’accessibilité.

Les auteurs d’un article cité par LaLIST, la newsletter quotidienne de l’INIST, ont découvert que la rétractation des articles était fort peu signalée dans les archives ouvertes.

Ils sont partis d’une liste de 24 430 articles publiés entre 2013 et 2023 ayant fait l’objet d’une rétractation ou d’une correction. Ils les ont identifiés en cherchant tous les articles dont il est fait mention dans Retractation Watch ayant un DOI (Digital Object Identifier) mais pas nécessairement en open access.

Sur les 24 430 articles, ils en ont trouvé 7 560 ayant au moins une présence dans une des 369 archives ouvertes qu’explorées grâce à Unpaywall.

Afin de pouvoir effectuer une évaluation manuelle, faute d’outils pour le faire automatiquement, ils ont choisi HAL l’archive ouverte gérée par le CCSD (Centre pour la Communication Scientifique Directe) sous la triple tutelle du CNRS, de l’INRIA et de l’INRAE. C’est, en taille, le deuxième après un site de la NASA.

Le résultat est brutal.

En effet, sur les 141 articles identifiés dans HAL, 128, soit 91%, n’ont fait aucune mention d’une rétractation ou d’une correction.

Référence de l’article :

Bordignon, F. (2025), Moving Open Repositories out of the Blind Spot of Initiatives to Correct the Scholarly Record. Learned Publishing, 38: e1655.

SAGE annonce avoir adopté l’outil Dimensions Author Check qui permet une vérification de l’intégrité de la recherche qu’il publie. Cet outil examine les historiques de publications des auteurs et leurs réseaux afin de repérer toute activité inhabituelle comme les rétractations.

Il vérifie aussi s’il existe d’éventuelles collaborations avec des « paper mills (« moulins à papier ») ainsi que l’existence dans les articles de phrases « torturées ».

Ces phrases torturées ont pour objectif de tromper les logiciels anti-plagiat.

Par exemple, en français, une insuffisance rénale devient ainsi une déception du rein (ou rénale), l’intelligence artificielle une conscience contrefaite ou, enfin, un acide nucléique un corrosif nucléique.

Bien entendu, l’équivalent existe en anglais. Comme on le voit, la réaction s’organise face à la fausse science.

Dans un texte récent « Mesures et démesures de la publication scientifique », le mouvement « Ouvrir la science » attire l’attention sur l’augmentation très rapide , voire exponentielle, du nombre d’articles scientifiques publiés. Elle considère qu’elle n’est plus compatible avec le maintien de la qualité scientifique et la confiance dans les résultats obtenus par le minutieux travail de la relecture par les pairs. 

Si les éditeurs « classiques » augmentent leur catalogue dans des proportions « raisonnables », ce billet cite trois éditeurs qui sont Frontiers, MDPI et Hindawi en remarquant la très forte croissance du nombre d’articles qu’ils publient. Cette forte croissance est liée, en particulier, à la publication de numéros spéciaux, notamment en 2022.

Retractation Watch signale, pour sa part, que Hindawi a retracté plus de 8 000 articles rien que pour l'année 2022, ce qui semble constituer un record. Wiley qui avait racheté cet éditeur en 2021 a décidé de ne plus utiliser la marque Hindawi et de ne garder que les quelques revues « irréprochables » de cet éditeur.

On notera que les auteurs des 8 000 articles retractés n’ont à peu près aucune chance de récupérer l’APC (article processing charge) qu’ils ont payé pour la publication de leur article.

Un article très intéressant vient de paraître sur le site de preprint arXiv.

Il présente et analyse un ensemble de 14 000 articles publiés dans arXiv et rétractésdepuis l’origine d’arXiv en 1991 jusqu’à septembre 2024. 

Ces articles rétractés sont accompagnés des commentaires liés à la rétractation. De plus, les auteurs ont classé les raisons des rétractations en 10 catégories :

1. Factual/methodological/other critical errors in manuscript
2. Incomplete exposition or more work in progress
3. Typos in manuscript
4. Self-identified as “not novel”
5. Administrative or legal issues
6. ArXiv policy violation
7. Subsumed by another publication
8. Plagiarism
9. Personal reasons
10. Reason not specified

Autre remarque intéressante : les rétractations sont relativement fréquentes dans le domaine médical, par contre, elles sont rares, voire absentes dans le domaine informatique.

Un nouveau guide sur les « repositories de confiance »

Ce nouveau guide propose une liste de « repositories de confiance dans différents domaines de recherche avec une évaluation de leur conformité avec les règles du Programme cadre Horizon Europe qui couvre, rappelons-le, la période 2021 à 2027. 

Naviguer parmi les exigences concernant la science ouverte de l’ "Horizon Europe Model Grant Agreement" (MAGA) peut être difficile pour les chercheurs.

Le guide leur donne des recommandations pour sélectionner le(s) « repository/ies où déposer leurs résultats de recherche, en précisant que cela n’est pas un « liste blanche » ni une validation.

Cette démarche s’inscrit dans la promotion de la science ouverte et doit favoriser la collaboration entre chercheurs en Europe et plus largement.

La nouvelle édition du guide recense 241 « repositories » dont 186 ont été jugés dignes de confiance. La liste sous forme de tableau Excel avec de nombreux critères est accessible ici.

Parmi les mieux cotés, on signalera notre HAL national et l'Européen Zenodo.

Une base de données des deals immobiliers

CFNEWS IMMO publie en continu des informations très détaillées sur les deals immobiliers, essentiellement en France. Ces informations forment la matière première d’une base de deals qui regroupe plus de 6 500 opérations. La description de ces opérations est extrêmement détaillée, constituant autant de critères utilisables pour rechercher dans la base de deals.

Les deals immobiliers dont il est question ici sont exclusivement des deals professionnels. Une offre d’essai de huit jours est proposée pour se familiariser avec le site et le tester.

Open AI se confronte à Google

Open AI vient d’annoncer le lancement de son outil de recherche en ligne baptisé ChatGPT Search.

Nul doute que, si l’outil est vraiment fiable, -  et il n’y a pas de raison qu’il ne le soit pas – cela ne sera pas sans conséquence sur l’énorme part de marché que Google détient dans la recherche sur le Web.

Judilibre va continuer à se développer

La Cour de Cassation au sein de laquelle est développée Judilibre, annonce que les décisions des tribunaux de commerce seront chargées avant la fin de cette année.

Rappelons que Judilibre a vocation à proposer en open access l’ensemble des décisions de justice rendues en France.

Le Collège de France sur votre smartphone

La prestigieuse institution vient de lancer l’application « Library Mobile » pour smartphone qui donne accès à une série d’informations et de services tels que l’accès à Omnia, le catalogue des douze bibliothèques et du service des archives. Il permet aussi, en particulier, de suivre les cours du Collège de France sur ses chaînes YouTube et de lire les derniers billets du blog Colligere.

PLOS est un éditeur de publications en open access essentiellement dans le domaine biomédical.  

Les articles qu’il publie sont classés en différents types tels que « research article », « short report », « consensus view » ou « perspective », une ventilation dont le niveau de détail est peu fréquent.

Cet éditeur vient d’innover avec la création d’un nouveau type d’article baptisé « essay » proposé dans ses publications PLOS Climate, PLOS Global Public Health, PLOS Mental Health et PLOS Water.

Ces « essays » sont des articles de prise de position, en particulier sur des sujets politiques d’intérêt régional ou sectoriel.

Ces articles de 3 à 4 000 mots sont supposés pouvoir être lus par des non-spécialistes.

À titre d’exemple, un des essais récemment chargés traite des lacunes politiques dans le traitement des maladies pulmonaires post-tuberculose.